O curso de medicina da FCM entrega, anualmente, dois prêmios: um para a graduação e outro para a pesquisa. São eles: Lopes de Faria e Miguel Ignácio Tobar Acosta. O curso de fonoaudiologia entrega o prêmio Gabriel de Oliveira da Silva Porto e o curso de Enfermagem entrega o prêmio Irma de Oliveira aos docentes de graduação.