1991
Criação do Curso de Aprimoramento da Faculdade de Ciências Médicas
Em 4 de novembro de 1991 é aprovado o regimento interno do departamento de Medicina Legal em reunião do Conselho Departamental.
1992
Desvincula-se do Departamento de Clínica Médica e torna-se o Departamento de Radiologia sendo assim um serviço ligado diretamente à Diretoria da Faculdade
Criados o Serviço de Medicina Nuclear do Hospital das Clínicas e o Centro Oftalmológico de Referência.
1993
Nasce o primeiro bebê de proveta no Centro de Atenção Integral à Saúde da Mulher (Caism)
Criação da Ótica Universitária ligado ao Departamento de Oftalmologia
Os professores Bussamara Neme e Maurício Knobel recebem o título de Professor Emérito da Unicamp.
1994
Toma posse como diretor o Prof. Dr. Fernando Ferreira Costa pelo período de 1994 a 1998
Toma posse como reitor, o médico pediatra José Martins Filho
É reestruturado o serviço de cirurgia cardíaca do Hospital das Clínicas
Implantação do Banco de Olhos ligado ao Departamento de Oftalmologia
O curso de pós-graduação em Pediatria recebe avaliação pela CAPES
1995
Inaugurada a nova biblioteca da Faculdade de Ciências Médicas e nova avenida de acesso ao campus
São implantados o plano de metas para o qüinqüênio e novas normas para a graduação
O Hospital das Clínicas realiza o 500° transplante renal
Início das atividades do Laboratório de Investigação de Materiais em Ortopedia
1996
Criação do Ambulatório de Coluna do Departamento de Ortopedia e Traumatologia
1997
Implantação do o Sistema de Informação sobre Agentes Teratogênicos/SIAT do Departamento de Genética Médica
Criação do Ambulatório e Linha de Pesquisa em Neurogenética do Departamento de Genética Médica
Início das atividades do Projeto Catarata a nível nacional
Implantação da reestruturação das atividades assistenciais e acadêmicas do Departamento de Ortopedia
Criação da disciplina de Informática Biomédica do Departamento de Genética Médica
Criação da Associação dos Ex-alunos da Faculdade de Ciências Médicas da Unicamp (ASSEX)
Com a edição da Portaria GR n° 136/97,em 10 de outubro de 1997 cria-se o CIPED- Centro de Investigação em Pediatria.
Transferido em 30/10 o departamento de Enfermagem para a nova área da FCM
1998
Toma posse como diretor o Prof. Dr. Mario J. A. Saad pelo período de 1998 a 2002
O primeiro docente contratado junto a F.C.M. e responsável pela implantação do Instituto de Biologia (IB), professor Walter August Hadler, falece em novembro
Criado por portaria da Reitoria em 1997, é referendado por determinação da Diretoria da Faculdade de Ciências Médicas da Unicamp em maio de 1998, o CENTRO DE INVESTIGAÇÃO EM PEDIATRIA
Inauguração das novas instalações administrativa e da área de salas de aula e em 26/06/98 é inaugurado o departamento de Medicina Preventiva e as áreas de laboratório multidisciplinares no prédio sede
1999
Os departamentos de Anestesiologia, Cirurgia, Clínica Médica, Neurologia, Ortopedia e Otorrinolaringologia, são fisicamente reestruturado nos edifícios anteriormente ocupados pela FCM e Enfermagem
2000
Inaugurado em setembro o Hospital Estadual Sumaré com a presença do então governador Mário Covas e do vice Geraldo Alkmim.O Hospital já nasceu diferenciado, estruturado para ser uma unidade hospitalar integradora na rede de serviços públicos de saúde, para cinco municípios da microregião de Campinas, dentro de um conceito moderno de hospital-escola, que prioriza o bom atendimento e a humanização. Está preparado para atender uma população de aproximadamente 600 mil habitantes.
A Comissão de Reforma curricular propõe mudanças no currículo de medicina para oferecer formação mais humanística com conteúdo ético.