Desenvolveu-se o selo, com base na frase comemorativa dos 40 anos da FCM., em que se valoriza o indivíduo na construção desta instituição, sua trajetória e qualidade de ensino.
Sua forma triangular remete ao trinômio: ensino, pesquisa e assistência; que é o cerne precípuo da instituição.
Na sua idealização, partiu-se de um triângulo deslocado, com uma linha vazada, que nos leva a um caminho e, por conseguinte, ao futuro, tendo como princípio uma base sólida que se estende para o infinito. Os cortes circulares, nas suas laterais, dão-nos a leitura implícita de um número quatro, no seu lado esquerdo, e um zero, no seu lado direito, referindo-se ao quadragésimo aniversário, reforçado ainda pelo grafismo de "40" anos, na sua parte posterior.
As datas, na sua base, situam a temporalidade desta comemoração: 1963-2003 e, abaixo da base, as siglas FCM e UNICAMP, identificam a Faculdade de Ciências Médicas da Universidade Estadual de Campinas.
Utilizou-se a cor oficial do logo FCM e suas tonalidades.