Com a transformação do Centro de Reabilitação em Centro de Estudos e Pesquisas e a titulação de seus profissionais, houve uma ampliação de projetos financiados e ampliação de equipes de trabalho, com a participação de bolsistas de Iniciação Científica, Aprimoramento (pós lato sensu, Mestrado e Doutorado).
Em 2013, os Laboratórios eram os seguintes:
1. Laboratório de Estudos do Desenvolvimento Infantil (LEDI-I)
2. Laboratório de Avaliação Visual (LAV)
3. Laboratório de Detecção de Alterações Auditivas em Neonatos (DAANE)
4. Laboratório de Diagnóstico Audiológico Infantil
5. Laboratório de Detecção de Alterações Visuais (DAVi) – Triagem Visual
6. Laboratório de Estudos sobre Desenvolvimento Humano (LADEH)
7. Laboratório de Voz
8- Laboratório de Eletromiografia
Em relação aos temas atuais de pesquisa, são mantidos e aprofundados os temas que caracterizam o Cepre desde seu início: deficiência visual e surdez, acrescidos das áreas da Fonoaudiologia: audiologia, voz, linguagem, motricidade oral, abordadas de forma interdisciplinar. Entretanto, a partir das necessidades detectadas na clientela atendida, amplia-se a investigação voltada para uma abordagem mais abrangente das alterações no desenvolvimento. As pesquisas realizadas têm características de pesquisa de campo (no Cepre, em escolas e em outros locais) e de laboratório, com utilização de equipamentos especializados (entre outros: Audiologia, Voz e Motricidade Oral).