O Cepre, desde seu início, teve sua atuação voltada às deficiências sensoriais (surdez e deficiência visual) e atuava na área de ensino, oferecendo cursos de extensão e assessorias a instituições que atuavam na área da reabilitação. Oferecia campo de estágio para alunos dos Cursos de Graduação em Pedagogia, Terapia Ocupacional e Fonoaudiologia de Universidades da região. Em 1995, teve início a construção da nova sede do Cepre no campus universitário, com a finalização em 1997, quando da mudança para Barão Geraldo.
A partir de 1991, houve um incentivo para que os docentes do Cepre se titulassem e em 1997, iniciamos o primeiro Curso de Especialização latu-senso sobre Educação e Reabilitação de surdos e em 1998, passaram a ser oferecidos dois Cursos de especialização em nível de pós-graduação lato sensu: “Deficiência visual e surdez: fundamentos para a intervenção” e “Curso de Especialização em Educação e Reabilitação de Surdos”.
Com uma maior titulação dos docentes e sentindo a necessidade de expandir suas atividades no campus, o Cepre iniciou uma discussão sobre a implantação de um Curso de Graduação, o que culminou com a aprovação pelo Conselho Universitário, em 2001, do Curso de Graduação em Fonoaudiologia.
Sendo assim, a partir de 2002, foram iniciadas as aulas do curso de Fonoaudiologia, vinculado à Faculdade de Ciências Médicas-FCM, e com a parceria do Instituto de Estudos da Linguagem – IEL. O curso tem sido ministrado, de forma majoritária, por docentes do Cepre, e também por docentes de outros departamentos da FCM, do Instituto de Estudos da Linguagem-IEL, Instituto de Biologia-IB e Instituto de Física-IFGW.
No que se refere à pós-graduação strito senso, a partir de 2008, foram iniciadas as aulas do curso de Mestrado Profissional: “Saúde, interdisciplinaridade e reabilitação”, proposto e implementado por docentes do Cepre e avaliado pelo Comitê Interdisciplinar da Capes com nota inicial 4. Tendo em vista o bom andamento do curso e a boa avaliação obtida junto à Capes, foi possível propor a transformação desse programa de Mestrado Profissional em programa de Mestrado Acadêmico. Desta forma, a partir de 2012, o programa “Saúde, interdisciplinaridade e reabilitação” passou a ser um Mestrado Acadêmico. Em abril de 2015, foi aprovado pela Capes, o Programa de Doutorado “Saúde, Interdisciplinaridade e Reabilitação”.