Os dados experimentais e conceituais desenvolvidos nos parágrafos anteriores concedem ao antígeno um certo número de funções imunológicas que permitem a caracterização sobre o plano de sua reatividade a nível global (hospedeiro) ou moleculares (interações com as moléculas de reconhecimento).
Operacionalmente existem 06 funções imunológicas de uma molécula coexistente simultaneamente ou não.
1) A imunogenecidade (ou poder imunogênico)
Capacidade de indução de uma resposta imune humoral e/ou celular independente da especificidade das moléculas de reconhecimento (cara a cara com as estruturas epitópicas do antígeno), que aparecem no hospedeiro consecutivatimente a entrada do antígeno. Assim uma única molécula imunogênica, como mostram as experiências utilzando polipeptídeos sintéticos admistrados em 02 linhagens distintas (dirigidas contra epitopos imunogêncos diferentes) conforme a linhagem considerada. Diversos exemplos de expressão de especificidade diferentes de uma mesma espécie molecular em função do genoma do hospedeiro. Por outro lado, conforme a regra de Ehrlich, a resposta imune a um certo imunógeno não pode ser desencadeada por epítopos distintos que estão presentes sobre as moléculas dos tecidos do hospedeiro. Assim, para a molécula portadores dos epítopos a, b, c, d, e, f introduzida em 2 hospedeiros possuindo respectivamente os deteminantes a, b, e d, c sobre suas próprias moléculas tissulares, a especificidade dos anticorpos (ou dos linfócitos sensibilizados), não é dirigida contra os determinantes c, d, e, f no primeiro caso e a, b, e, f no segundo. Uma molécula intrinsicamente imunogênica em dois receptores distintos podem exprimir especificidade diferentes.
As estruturas que induzem a imunogenicidade de uma molécula (regiões ditas imunopotentes) e seus determinantes específicos antigênicos (epítopos ou locais conformacionais ou sequenciais) relacionam mais com zonas distintas da molécula.
2- Especificidade antigênica (ou antigenecidade por certos autores)
Capacidade de uma molécula de se combinar especificamente com uma molécula de imunoglobulina específica ou com os receptores (moléculas de reconhecimento ) funcionalmente similares presentes na superfície dos linfócitos específicos levando a resposta celular.
Esse antígeno depois define sua imunogenecidade (ou eventualmente tolerância) através de sua especificidade antigênica. No primeiro caso, é capaz de induzir uma reação imune (imunogenecidade) que é consideravel, então depois no segundo caso, ocorre a combinação específica com as moléculas de reconhecimento. Esta é a segunda propriedade introduzida no entanto uma certa ambiguidade do termo de antigeno que pode resultar no fato de que a imunogenecidade e a especificidade pode ser atribuida a uma mesma molécula (mas podemos marcar os motivos estruturais distintos) não estão sempre fortemente ligados. De outras moléculas podem possuir uma só ou duas propriedades, dependendo da especificidade antigênica. Essas moléculas são os hapteno. Por essa razão, na estudo do termo imunogenico pode designar uma molécula dotada de um poder imunogênico permanente assim como faz distinção entre as duas propriedade de um antígeno.
A combinação antígeno-molécula de reconhecimento homológa (Ig ou receptor celular) pode ser colocada em evidência in vitro ou in vivo por diferentes técnicas de imunoquímica e de imunologia celular. Ela se efetiva por suas ligações não covalentes entre os epítopos do antígeno e de suas regiões igualmente limitadas de suas moléculas de reconhecimento (posição dos anticorpos como as Ig situadas na parte variável da cadeia pesada e leve) esterioespecificamente complementares aos primeiros. Todo determinante presente sobre uma molécula imunogência e reconhece parte do hospedeiro como estranho pode levar a síntese por estes de moléculas de reconhecimento capazes de se combinar com o determinante. Em outros termos, uma molécula antigênica é vista pelo hospedeiro como um conjunto de partes antigênicas. Cada parte produz uma família de anticorpo específico único (mais ou menos limitado) adaptados a uma parte (noções de diversidade, ou de afinidade do anticorpo). Os anticorpos podem diferrir igualmente por diversas caracterísitcas (classes, sub-classes, natureza da cadeia leve, carga de cada molécula, etc...) se esta for qualificada como hetrogênia. É fato sublinhar que em um hospedeiro os determinantes de um antígeno podem não ser expressos na sua totalidade. Em outros termos os anticorpos contra certos antígenos somente serão sintetizados. Quando a combinação emtre uma molécula de reconhecimento se efetiva com uma molécula diferente do antígeno indutor da resposta, dizemos que esta molécula apresenta reação cruzada com o antígeno. Essa reatividade se atribui a presença de um ou mais determinantes antigênicos estruturalmente identicos ou similares sobre as moléculas respectivas.
3- Alergenicidade (poder alérgico)
Capacidade de indução de reações alérgicas e de lesões tissulares de um hospedeiro dito sensível (que anteriormente entrou em contato com a molécula estranha) e possuidor de imunoglobulinas e ou de linfócitos podendo reagir especificamente com a molécula introduzida. Os antígenos parasitas ou de diversos organismos vegetais ou microbios, designados com alergenos que induzem preferencialmente a aparição de uma classe de imunoglobuinas (IgE) ou de certas sub-classes de IgG expressam o conceito de alergenicidade.
4-Tolerância
Capacidade de induzir certas condições de de um estado de tolerância de um animal\
5- Adjuvanticidade
Capacidade de um antígeno de ser seu próprio adjuvante (imunomodulação)
6-Mitogenicidade policlonal
Capacidade de um antígeno de ativar não especificamente clones linfocitários de quem as moléculas de reconhecimento que foram sintetizadas são distintas e dirigidadas aos epítopos do antígeno.
Classificação dos imunógenos naturais em função de suas proporções com os tecidos do hospedeiro.
São distinguidos quatro tipos de antigênos que representam esse critério.
Heteroantígenos ou antígenos heteroespecíficos quando o antígeno proveniente de um organismo sem parentesco biológico com o receptor. Os anticorpos produzidos por este antígeno são chamados heteroanticorpos.
Aloantígenos Contrariamente aos antígenos ditos específicos da espécie identifica todo os indivíduos de uma mesma espécie, um salto depois da descoberta dos tipos sangüineos, tecidos e da especificidade alotípica em geral, que os indivíduos de uma mesma espécie podem se diferenciar entre eles pelos antígenos que não são comuns dos grupos de indivíduos da mesma espécie. Esses antígenos (chamados antígenos de grupo sanguineo por se apresentarem sobre os eritrócitos ou nas secreções) dando origem aos aloanticorpos. Sua importância é vital nos transplantes (antígenos de histocompatibilidade ou de transplantação).
Auto antígenos esses antígenos podem ser retirados e reintroduzidos no mesmo organismo. A aparição de autoantígenos (fenômeno excepcional) pode ser produzida. Uma suposição é que os constituintes de um organismo podem se transformar em autoantígenos por modificações de natureza desconhecida (espermatozóides, crislino, rins, cérebro) dando origem aos autoanticorpos (doenças auto-imunes).
Antígenos Heterofílicos que são ao contrário dos antígenos portanto de especificidade comuns às espécies animais (ou mesmo vegetais) taxinomicamente distantes. Um dos mais comuns (mas existem também outros) é o hapteno dito antigeno de Forssman, ausente no homem, no coelho e boi, mas presente sobre os eritrócitos de numerosas espécies (cachorro, carneiro, cabra, cobaia, cavalo...) assim como nos microrganismos.