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Do mesmo modo que o ELISA, a IFI também é utilizada para detectar a presença de uma molécula ligante em amostra líquida usando anticorpos específicos ligados a uma fase sólida. No caso da IFI, no entanto, a fase sólida é uma lâmina de vidro, onde os antígenos estão ligados em áreas circulares delimitadas. A amostra é previamente diluída serialmente, e cada diluição é aplicada num círculo específico. O segundo anticorpo é marcado com fluoresceína, portanto a visualização é feita em microscópio de fluorescência. A quantificação de ligante presente na amostra é dada em forma de título de anticorpos: o título final é a diluição mais alta onde houve detecção significativa de fluorescência.
Para a IFI também já existem kits contendo lâminas com antígeno e reagentes específicos, mas tanto sua execução quanto análise de resultados requer treino e capacitação
