Diversos centros compõem o quadro administrativo da Faculdade de Ciências Médicas. Criados no decorrer da evolução da faculdade, eles dão apoio a pesquisas e atendimentos clínicos. Suas áreas de atuação complementam também o ensino de graduação e pós-graduação. São eles:
- CEPRE - Centro de Estudos e Pesquisas em Reabilitação,
CCAS - Centro Colaborador em Análise de Situação de Saúde, - CIATox - Centro de Informação e Assistência Toxicológica de Campinas,
- CIPOI - Centro Integrado de Pesquisas Oncohematológicas na Infância,
- CIPED - Centro de Investigação em Pediatria,
- CPC - Centro de Pesquisa Clínica.