O Departamento de Cirurgia foi chefiado inicialmente pelo Prof. Dr. Marcel Cerqueira Cesar Machado, por um período curto, na fase de implantação, a convite dos docentes do Departamento. Logo após, por unanimidade, foi indicado o Prof. Dr. Luiz Sérgio Leonardi para chefiá-lo e, tendo em vista seu grande espírito de liderança, organizou todo o Departamento, sendo então criadas as Disciplinas, a saber: Cirurgia de Cabeça e Pescoço, Cirurgia Cardíaca, Cirurgia do Trauma (criado em 1988), Cirurgia Pediátrica, Cirurgia Plástica, Cirurgia Torácica, Fisiologia e Metabologia Cirúrgica, Moléstias do Aparelho Digestivo, Moléstias Vasculares, Técnica Cirúrgica e Urologia, que foram chefiados, respectivamente, pelos: Prof. Dr. Antonio Santos Martins; Antonio Benedicto Prado Fortuna sucedido pelos Prof. Prof. Dr. Reinaldo Wilson Vieira e Orlando Petrucci Junior; Prof. Dr. Mario Mantovani sucedido pelo Prof. Dr. Gustavo Pereira Fraga; Prof. Dr. Edison Rissato de Oliveira sucedido pelos Prof. Dr. Joaquim Murray Bustorff Silva e Prof. Dr. Marcio Lopes Miranda; Prof. Dr. Cássio Menezes Raposo do Amaral, sucedido pelos Prof. Paulo Henrique Facchina Nunes e Prof. Dr. Paulo Kharmandayan; Prof. Dr. Carlos Frazatto Junior sucedido pelos Prof. Dr. Ivan Felizardo Contrera Toro e Prof. Dr. Ricardo Kalaf Mussi; Prof. Dr. Renato Giuseppe Giovanni Terzi sucedido pelos Prof. Dr. Sebastião Araújo e Prof. Dr. Antonio Luis Eiras Falcão; Prof. Dr. Luiz Sérgio Leonardi sucedido pelo Prof. Dr. Nelson Adami Andreollo; Prof. Dr. John Cook Lane sucedido pelos Prof.Dr. João Potério Filho e Profa. Ana Terezinha Guillaumon; Prof. Dr. Augusto Affonso Ferreira sucedido pelos Prof. Dr. Nelson Rodrigues Netto Junior, Prof.Dr. Carlos Arturo Levi D'Ancona, Prof. Dr. Paulo Cesar Rodrigues Palma e Prof. Dr. Ubirajara Ferreira; .
Desde o início, imprimiu-se rigor científico na realização de pesquisas e na produção de trabalhos científicos, em todas as Disciplinas. Da mesma forma, houve incentivo para os docentes, gradativamente, fossem se titulando através de concursos e defesas de tese.
Além disso, foram criados os programas de Residência Médica nas respectivas Disciplinas, bem como desprendido esforços para o ensino de graduação.
O atual Núcleo de Medicina e Cirurgia Experimental existente hoje como local multidisciplinar de pesquisas, com participação de outros Departamentos da FCM, foi criada graças aos esforços dos Profs. Luiz Sérgio Leonardi, Luiz Sebastião Prigenzi e Vital Brasil e colaboração dos Profs. Mario Mantovani e Reinaldo Wilson Vieira, para treinamento de técnicas cirúrgicas em animais e pesquisas de alto nível, com participação multidisciplinar. Posteriormente, passou a ser Núcleo da FCM, sendo hoje local de excelência em produção de trabalhos científicos. Atualmente, o Prof. Dr. Orlando Petrucci Junior coordena o Laboratório de Técnica Cirúrgica do Núcleo, possibilitando a realização de inúmeros trabalhos experimentais, inclusive premiados e várias teses da área de Cirurgia.
O Prof. Leonardi, chefiou o Departamento de Cirurgia, de 1973 a 1981, sendo sucedido pelo Prof. Dr. John Cook Lane, de 1981 a 1984, sendo que em 1984, o Prof. Leonardi foi reeleito, permanecendo até 1988. Assumiu a chefia de 1988 a 1990. Após, foi eleito o Prof. Dr. Renato Giuseppe Giovanni Terzi, o qual foi sucedido pelo Prof. Dr. Carlos Frazatto Junior, durante o período de 1990 a 1992. De 1992 a 1994, foi eleito o Prof. Dr. Mario Mantovani, seguido do Prof. Dr. Raul Raposo de Medeiros, de 1994 a 1998, elegendo-se após, o Prof. Dr. Reinaldo Wilson Vieira, de 1998 a 2002, sucedido pelo Prof. Dr. Juvenal Ricardo Navarro Góes, de 2002 a 2006, Prof. Dr. Nelson Adami Andreollo, de 2006 a 2010, Prof. Dr. Joaquim Murray Bustorff Silva, de 2010 a 2014, e Prof. Dr. Claudio Saady Rodrigues Coy, de 2014 a 2016 e 2016 a 2018, e atualmente eleito o Prof. Dr, Ubirajara Ferreira para a gestão no período de 2018 a 2020..
O Departamento de Cirurgia teve grande participação em atividades acadêmicas da FCM e da Universidade.
Na criação do Curso de Pós-Graduação da FCM em 1979, teve atuação importante, sendo que seu primeiro coordenador foi o Prof. Dr. João Potério Filho, professor na área de Moléstias Vasculares Periféricas. Desde dezembro de 1988, o Conselho Universitário da UNICAMP autorizou o início das atividades do Curso de Pós-Graduação em Cirurgia, possibilitando aos pós-graduandos o desenvolvimento de pesquisas e titulação.
Em sua expansão acadêmica, foi criada a Disciplina de Cirurgia do Trauma em 1988, chefiada pelo Prof. Dr. Mario Mantovani e a Disciplina de Fisiologia e Metabologia Cirúrgica em 1990, chefiada pelo Prof. Dr. Renato Giuseppe Giovanni Terzi.
Em 1985, por iniciativa do Prof. Leonardi, foi implantado no hospital Municipal e Centro de Saúde de Paulínia, a área de Cirurgia Ambulatorial e Simplificada, estamos atualmente concretizando e servindo como modelo e exemplo de serviço do gênero no país, contando com docentes e médicos contratados, dedicando-se a assistência médica ao ensino de alunos de graduação e de residentes.
As disciplinas do Departamento de Cirurgia contam hoje com enfermarias e ambulatórios próprios no Hospital de Clínicas, realizando assistência médica em todos os campos da cirurgia.
Conta, no momento, com 37 docentes, 28 médicos assistentes, 59 residentes, alunos de pós-graduação e alunos do segundo, terceiro, quarto, quinto e sexto anos médico.
O ensino tem sido uma das principais preocupações de todos os docentes do Departamento. Esforços tem sido empreendidos para que, ano a ano ocorram melhorias nas condições de ensino, tanto no curso de graduação, quanto no de pós-graduação.
Desde 1984, tem sido realizados transplantes renais pela Disciplina de Urologia e, em 1989, foi implantando pelo Prof. Leonardi a Unidade de Transplante Hepático. Após programa experimental de transplantes no Núcleo de Medicina e Cirurgia Experimental, e formação de equipe multidisciplinar, em setembro de 1991, foi realizado com sucesso o primeiro transplante hepático da UNICAMP, sendo esta a segunda universidade do país a realizar estes transplantes. Realizando transplantes cardíacos, abrindo uma nova era na cirurgia de ponta, que ora se desenvolve no Departamento de Cirurgia.
Departamento de Cirurgia, efetivamente, sempre participou da implantação e desenvolvimento administrativo de nossa Faculdade, tendo ocupado cargos administrativos de relevância pelos seus membros, os quais são destacados: Prof. Dr. Luiz Sérgio Leonardi foi Diretor da FCM de 1981 a 1984 e Diretor Executivo do GASTROCENTRO de 1992 a 1995, Prof. Dr. Mario Mantovani foi Diretor Clínico do Hospital de Clínicas de 1976 a 1982, e posteriormente de 1983 a 1985, Superintendente do atual Hospital de Clínicas de 1985 a 1988, o qual foi implantado e inaugurado durante sua gestão, e o Prof. Dr. Nelson Ary Brandalise, que foi Diretor Associado da FCM de 1984 a 1988, Prof. Dr. Ivan Felizardo Contrera Toro Diretor da FCM, e atual Diretor Associado o Prof. Dr. Claudio Saddy Rodrigues Coy.
Ainda, o Departamento foi o primeiro a se instalar no novo Hospital das Clínicas, realizando a primeira cirurgia em 20 de dezembro de 1985, pelos Profs. Luiz Sérgio Leonardi e Mario Mantovani.
Atualmente, o Departamento de Cirurgia, tem dado ênfase ao ensino médico e vem modificando seu currículo de graduação para melhor atender os seus designos de formador de alunos de graduação em nível de excelência. O mesmo tem se destacado na pós-graduação, tanto no lato sensu, na residência geral e especialidades cirúrgicas, quanto no strito sensu, na formação de futuros professores da nossa e de outras faculdades de medicina de nosso país.